对于特许人拒不执行行政处罚决定的，商务主管部门可以申请人民法院强制执行。

商务主管部门仅就特许人违反《条例》第二十四条、二十五条、二十六条、二十八条的行政违法行为实施监督管理，对于特许人与被特许人因各种原因而产生的合同纠纷，应由当事人自行协商或者选择通过司法途径解决。

特许人不备案的原因，一般来说有几种情形，一是不知道应该申请备案；二是不具备条件申请备案；三是认为备案不备案没有区别，采取观望的态度；四是已经不再从事特许经营活动。鉴此，应该针对不同情况分别予以对待，一是要加大宣传力度，建立信息交流平台，加强行业自律，促进行业的健康发展。二是积极发挥协会、专业的法律服务机构作用，加强其与政府管理部门和企业之间的合作、沟通，帮助企业提高经营管理能力和风险防范与预测意识。三是加强对企业的经营指导。对于具备条件未能备案的，应该积极敦促其备案；对于条件不成熟但是一直在从事特许经营的企业，应该帮助企业成就条件；对于不具备备案条件但一直从事特许经营的企业，应该采取有效的行政处罚措施，既遏制其从事特许经营活动，同时善意提醒已经签署特许经营合同的被特许人，通过协商的方式处理好已经签署的特许经营合同。

根据《商业特许经营备案管理办法》第十二条的规定，特许人存在欺诈行为经查证属实的，备案机关有权依据法定程序，视其欺诈行为的具体情节和后果，依法责令其整改或者撤销特许人备案，并通知特许人。构成合同欺诈的，被特许人还可以通过司法手段请求特许经营合同的撤销与损失的赔偿，构成诈骗犯罪的还可以依法追究刑事责任。

经营资源是特许经营活动的核心，根据商务部特许经营信息管理系统的功能，特许人申请备案提交的经营资源是能够在公告中查询的，这种公告可以视为特许人对其经营资源信息的披露，如果在实际经营中所使用的经营资源与备案提交的经营资源不一致，可以视为特许人披露信息不实，并依据《条例》第二十八条的规定处罚。

根据《合同法》的有关规定与自治原则，合同经特许人与被特许人协商一致后可变更或者修改，合同样本与实际活动中的合同不一致，不能简单视为特许人虚假披露信息。

“两店一年”是衡量特许人是否具备持续指导能力和成熟模式的量化标准，如果特许人在行政处罚前已经具备“两店一年”的条件，行政机关应该责成其尽快依据《条例》第八条的规定申请备案，逾期未能通过备案的，行政机关可以依据《条例》第二十五条的规定处罚。

有三种可能，一种是备案时提供虚假材料；另一种可能是特许人在变更特许经营体系以后未能及时申请变更；三是特许人借备案之名行实际经营之实。如果是第一种情形，备案机关可以据此依据《商业特许经营备案管理办法》第十二条的规定撤销其备案；如果是第二种情形，则可以视为特许人对外披露的特许经营体系信息不真实，商务主管部门可以依据《条例》第二十八条的规定予以处罚；如果是第三种情形，，一般可以认定特许人对实际经营体系的宣传属于《条例》所规定的虚假宣传。

仲裁是民间裁决机构，无权对行政行为的合法性作出认定和判定，因此仲裁认定的事实不必然为行政认定的依据；行政行为的合法性最终需要经过司法认定，因此司法裁判认定的事实一般应该为行政认定的法定依据；相反，行政认定的标准不当然为仲裁和司法所认可。

首先，根据“法无明文规定不处罚”的行政处罚基本原则，行政机关对于特许人的行政违法行为应当在事实清楚，证据确实充分的基础上，才能实施行政处罚；其次，行政机关在处理行政违法行为时，对于被处罚对象不享有除保全证据之外的强制措施，因此不能要求被处罚人、被调查人接受调查与配合。因此，行政违法的当事人在拒绝接受行政机关调查的前提下，行政机关只能择其他途径收集违法行为人的违法证据并据此实施处罚。

应该根据不同情况分别予以处理，《条例》只有第二十四条规定了“不具备条件的特许经营行为”和“企业以外的单位和个人从事特许经营活动”的行为是可以没收违法所得的，因此对于直接收取特许经营费用之加盟费、保证金、品牌使用费等的，该笔费用可以直接认定为违法所得；对于零加盟费条款的，合同约定之产品或者服务销售对价，在特许人不能证明其实际合法成本时，该对价应该视为违法所得；能证明合法成本时，利润部分应为违法所得。